「支払った金額が大きいから税務上の経費（損金）として認められない。」
というと、なんとなく分かる気もしますが、実際にはそうでないケースもあります。
そのあたりの判断は曖昧な部分もあり、慣れないうちは理解しにくいのではないでしょうか。
金額が大きすぎて経費として認められない場合
「金額が大きすぎる」ことだけを理由に経費として認められないケースには、分かりやすいところでは、次のようなものがあります（もちろんこれ以外にもたくさんあります）。
・役員報酬
・使用人給与
・福利厚生費（社員旅行）
では、金額が「大きすぎる」場合の基準は何なのでしょうか。
国税庁ホームページのタックスアンサーなどでは次のように書かれています。
・役員報酬／使用人給与・・・不相当に高額であるかどうか。
・社員旅行・・・社会通念上、一般的に行われている範囲の金額であるかどうか。
税務上の形式を満たしていても、「不相当に高額」であったり、「社会通念上、一般に行われている範囲を超えている」場合には、税務上の経費に認められないことになります。
しかし、その基準が具体的にいくらなのかは明示されていません。
報酬や給与であれば、同業他社や本人の職務内容に照らして都度判断ということになります。
大富豪の資産家と私のような一般庶民では「高額」の基準が異なるのは当然です。
実務で判断が難しい理由は、このような曖昧さが残っているためであると言えます。
金額が大きくても経費として認められるもの
上記とは逆に、高額でも実態が伴っていれば経費として認められるものもあります。
たとえば修繕費です。
固定資産の修理をする場合、機能がアップするような修繕でなければ修繕費として費用計上することができます。
たとえば固定資産の塗装を塗り直すのに何百万円かかろうが、実態が修繕（機能アップがないもの）であれば、経費としても問題ありません。
感覚的に「金額が大きいけど大丈夫？」と心配になるかもしれませんが、実態が重要です。
また、会議費も同様です。
こちらは「社会通念上」の概念は必要にはなってきますが、たとえば
・ホテルで役員が会議。
・会議室を借りて食事をしながら会議。
・１人あたり費用で１万円以上。
このようなケースでも、会議の実態があれば会議費でＯＫとされています。
（きちんと内容を精査する必要はあると思いますが。）
最後に
実態が伴っていればいいだろう（役員に対する報酬）と思っても高額だとダメだったり、高額だとダメかな（修繕費や会議費など）と思ってもＯＫだったりと、慣れないうちは判断に迷うことも多いのではないかと思います。
「ありのまま（あるいは多めに）税金を払っても良い」と考える会社はいいですが、そうでなければ、処理をする前にきちんと判断できるようにしておく（必要に応じて専門家に相談しておく）というスタンスが大切ではないでしょうか。
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【編集後記】
消費税の増税（平成29年４月〜）が延期される可能性が高まってきたようですね。
関連のセミナーなどもボチボチ見かけるようなってきていましたが、さてどうなることやら。
【昨日の１日１新】
＊「１日１新」とは→詳細はこちら
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